Что делать, чтобы не попасть под подозрение при снятии наличных ИП?

Не снимайте все наличные! Если нет острой необходимости снимать со счёта всю сумму целиком, не делайте этого. Пусть на счету останется хотя бы часть зачисленных средств. Подождите 5 дней после зачисления средств 

Раз банки считают снятие средств в течение 3-5 дней подозрительным, лучше не рисковать и не снимать деньги в этот период. Расплачивайтесь со счёта. 

Карту можно привязать к счёту ИП. Тратьте деньги напрямую, ведь как предприниматель Вы можете покупать на эти средства как материалы для производства, так и продукты для семьи. 

Если Вы снимаете деньги, чтобы положить их на карту другого банка, потому что там у Вас выгодный кешбэк или процент на остаток, сохраняйте чеки о внесении денег через банкомат, а в идеале — и о тратах с того счёта (хотя бы о крупных). Храните документы, подтверждающие расходы. 

Допустим, Вы снимали несколько дней подряд по 599 тысяч рублей, чтобы купить машину себе, жене, отцу и троюродному дяде — имеете право. Но Вы должны доказать, что отнесли деньги в автосалон, а не разработчикам ядерного оружия.